4 Nisan 1967 tarihinde Ankara'da, Hilmi Babacan ve Güner Babacan çiftinin oğlu olarak dünyaya geldi. Gençlik yıllarından itibaren dedesinin 1928 yılında başlattığı aile işinde çalıştı.
TED Ankara Koleji'nden 1985 yılında birincilikle mezun oldu. Lisans eğitimini tamamlamak üzere Orta Doğu Teknik Üniversitesi Endüstri Mühendisliği Bölümü'ne giren Ali Babacan, bu bölümden 1989 yılında 4.00 üzerinden 4.00 ortalamayla üniversite birincisi olarak mezun oldu.
1990 yılında dünyanın birçok ülkesindeki üstün başarı gösteren öğrencilere verilen Fulbright bursunu kazanarak, Amerika Birleşik Devletleri'ne giden Babacan, 1990-1992 yılları arasında Northwestern University Kellogg School’da işletme dalında yüksek lisans (MBA) yaptı.
Yüksek lisans çalışmalarında pazarlama, organizasyon davranışı ve uluslararası iş idaresi dallarında uzmanlaştı, 1992-1994 yılları arasında finans sektörünün üst düzey yöneticilerine danışmanlık yapan özel bir şirkette danışman olarak çalıştı.
1994 yılında Ankara'ya döndükten sonra aile şirketinin başına geçti; 2001 yılında AK Parti’nin kurucu üyesi oldu, Merkez Karar ve Yönetim Kurulu üyeliğine seçildi. Ankara’da uzun yıllar ticaretle uğraşan Babacan ailesinin bir ferdi ilk defa siyasete girmiş oldu.
58. ve 59. Hükümetlerde Ekonomiden Sorumlu Devlet Bakanlığı görevinde bulundu. Türkiye tarihinin en yıkıcı ekonomik krizlerinden olan 2001 krizinin ardından, ekonomiden sorumlu devlet bakanı koltuğuna oturduğunda 35 yaşındaydı.
58. Hükümet'te Dışişleri Bakanı olarak görev yaptı. 2008’de dünyayı etkileyen ekonomik kriz sonrası 2009 yılında Ekonomiden Sorumlu Başbakan Yardımcısı oldu. 28 Ağustos 2015’e kadar Başbakan Yardımcılığı görevine devam eden Babacan, aynı zamanda 22.,23.,24. ve 26. Dönemlerde TBMM’de Ankara milletvekilliği görevinde bulundu. 13 yıl boyunca kesintisiz bakanlık yapan Ali Babacan, son dönemlerin en uzun süre bakanlık yapmış ismi oldu.
8 Temmuz 2019 tarihinde kurucu üye olduğu AK Parti’den istifa etti. Babacan, istifasının ardından kamuoyuna yaptığı açıklamada, Türkiye’nin geleceği için yeni bir siyasi parti oluşturmak üzere çalışmalara başladıklarını duyurdu.
Ali Babacan, 1995 yılında Zeynep Babacan ile evlendi. Kerem, Dilara ve Emir adlarında üç çocuk babasıdır.